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Facturation électronique : gestion pour les professionnels de santé et les pharmacies

Le 11/05/2026

Dans Comptabilité

L’obligation de facturation électronique concerne tous les professionnels assujettis à la TVA en France, dont font partie les pharmacies et les professionnels de santé. Découvrez comment gérer correctement vos transactions dans le secteur de la santé.

Réception des factures électroniques pour les pharmacies et les professionnels de santé

En tant que pharmacie ou professionnel de santé assujetti à la TVA, vous devez pouvoir recevoir les factures électroniques sur la plateforme agréée de votre choix dès le 1er septembre 2026. Une banque ou un cabinet comptable peut vous proposer une PA adaptée sans surcoût.

Professionnels de santé et pharmacies : opérations exonérées de TVA

Certaines prestations fournies par les professionnels de santé et les pharmacies constituent des opérations exonérées de TVA, conformément à l’article 261-4 du CGI. Elles ne nécessitent pas d’établir une facture électronique car elles ne sont pas soumises à l’obligation : ostéopathie, psychologie, psychothérapie, transport de blessés, frais d’hospitalisation de certains établissements privés, tests médicaux, vaccination…

Impact de la facturation électronique pour les pharmacies

Les conséquences de la facturation électronique pour les pharmacies sont les suivantes.

Client non assujetti

Lorsqu’une pharmacie vend à un client non assujetti en France (particulier, association à but non lucratif, professionnel étranger), elle doit recourir au e-reporting des données de transactions via une PA. La création d’une facture électronique n’est pas obligatoire.

Client assujetti à la TVA établi en France

Quand une pharmacie vend à un client assujetti en France (entreprise, établissement de soin…), elle doit procéder au e-invoicing. Une facture électronique doit obligatoirement être éditée et transmise au client via une plateforme agréée.

Facture electronique professionnels santé

Facturation électronique : les actes hors nomenclature des professionnels de santé sont-ils concernés ?

Voici quelles sont les conséquences de la facturation électronique pour les professionnels de santé.

Actes hors nomenclature

En tant que professionnel de santé, si vous proposez des actes hors nomenclature, non pris en charge par la sécurité sociale (soin de confort, prestation esthétique, suivi nutritionnel…), deux cas se présentent :

  • Le client est assujetti à la TVA et établi en France : L’édition et l’envoi de factures électroniques via une PA est obligatoire. Il faut procéder au e-invoicing.
  • Le client n’est pas assujetti : Editer une facture électronique n’est pas obligatoire. Les données de transaction doivent être déclarées régulièrement à l’administration fiscale via le e-reporting en passant par une PA.

Par ailleurs, pour les prestations de services hors TVA sur les débits, il faut effectuer le e-reporting des données de paiement pour ne pas être redevable de la TVA lors de l’émission de la facture.

Acompte pour un acte hors nomenclature

Quel que soit le type de client, en cas de réception d’un acompte pour un acte hors nomenclature, il faut éditer une facture rappelant le montant HT et de TVA, puis une facture de solde rappelant le numéro de la facture d’acompte.

Facturation électronique

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