Facturation électronique : gestion pour les professionnels de santé et les pharmacies

Réception

Réception des factures électroniques pour les pharmacies et les professionnels de santé

En tant que pharmacie ou professionnel de santé assujetti à la TVA, vous devez pouvoir recevoir les factures électroniques sur la plateforme agréée de votre choix dès le 1^er septembre 2026. Une banque ou un cabinet comptable peut vous proposer une PA adaptée sans surcoût.

Astuce :
Une plateforme agréée adaptée, sans surcoût. Une banque ou un cabinet comptable peut vous proposer une PA adaptée sans surcoût.

Dès le 1er septembre 2026, vous devez pouvoir recevoir vos factures électroniques sur la plateforme agréée de votre choix.

Exonérations

Professionnels de santé et pharmacies : opérations exonérées de TVA

Certaines prestations fournies par les professionnels de santé et les pharmacies constituent des opérations exonérées de TVA, conformément à l’article 261-4 du CGI. Elles ne nécessitent pas d’établir une facture électronique car elles ne sont pas soumises à l’obligation : ostéopathie, psychologie, psychothérapie, transport de blessés, frais d’hospitalisation de certains établissements privés, tests médicaux, vaccination…

Les prestations exonérées de TVA, comme l’ostéopathie ou la vaccination, n’exigent pas de facture électronique.

Pharmacies

Impact de la facturation électronique pour les pharmacies

Les conséquences de la facturation électronique pour les pharmacies sont les suivantes.

Client non assujetti

Lorsqu’une pharmacie vend à un client non assujetti en France (particulier, association à but non lucratif, professionnel étranger), elle doit recourir au e-reporting des données de transactions via une PA. La création d’une facture électronique n’est pas obligatoire.

Client assujetti à la TVA établi en France

Quand une pharmacie vend à un client assujetti en France (entreprise, établissement de soin…), elle doit procéder au e-invoicing. Une facture électronique doit obligatoirement être éditée et transmise au client via une plateforme agréée.

Info :
Deux cas selon le client. Client non assujetti : e-reporting des données de transaction via une PA. Client assujetti établi en France : facture électronique transmise via une plateforme agréée.

Pour une pharmacie, tout dépend du client : e-reporting s’il n’est pas assujetti, facture électronique s’il l’est en France.

Hors nomenclature

Facturation électronique : les actes hors nomenclature des professionnels de santé sont-ils concernés ?

Voici quelles sont les conséquences de la facturation électronique pour les professionnels de santé.

Actes hors nomenclature

En tant que professionnel de santé, si vous proposez des actes hors nomenclature, non pris en charge par la sécurité sociale (soin de confort, prestation esthétique, suivi nutritionnel…), deux cas se présentent :

• Le client est assujetti à la TVA et établi en France : L’édition et l’envoi de factures électroniques via une PA est obligatoire. Il faut procéder au e-invoicing.
• Le client n’est pas assujetti : Editer une facture électronique n’est pas obligatoire. Les données de transaction doivent être déclarées régulièrement à l’administration fiscale via le e-reporting en passant par une PA.

Par ailleurs, pour les prestations de services hors TVA sur les débits, il faut effectuer le e-reporting des données de paiement pour ne pas être redevable de la TVA lors de l’émission de la facture.

Acompte pour un acte hors nomenclature

Quel que soit le type de client, en cas de réception d’un acompte pour un acte hors nomenclature, il faut éditer une facture rappelant le montant HT et de TVA, puis une facture de solde rappelant le numéro de la facture d’acompte.

À noter :
Un acompte appelle deux factures. Quel que soit le client, il faut éditer une facture d’acompte avec le montant HT et de TVA, puis une facture de solde qui rappelle le numéro de la facture d’acompte.

Pour un acte hors nomenclature, le statut du client décide : e-invoicing s’il est assujetti en France, e-reporting sinon.

Questions fréquentes

Aller plus loin

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